ஸ்தல வரலாறு ஆதிசேஷன் எனப்படும் நாகராஜன் தன் பத்தினியர் இருவருடன் பாதாள லோகத்திலிருந்து இத்தலம் வந்து சிவபெருமானை பூஜித்து வழிபட்டான் என புராண வரலாறுகள் தெரிவிக்கின்றன. இதனால் இவ்விறைவனுக்கு நாகநாதர் என்றும், இவ்வூருக்கு திருநாகேஸ்வரம் என்றும் பெயர்கள் வந்தன. ஒரு சிவராத்திரி புண்ய தினத்தன்று உச்சி வேளையில் நாகராஜன் இவ்விறைவனை வழிபட்டான். ஆதலால் இவ்வாலயத்தில் உச்சிவேளை வழிபாடு சிறந்ததாக கருதப்படுகிறது. சுசில முனிவர் தான் நடத்தவிருக்கும் வேள்விக்குரியப் பொருட்களை கொண்டு வர, தன் மகனை காட்டுக்கு அனுப்பினார். எல்லாவற்றையும் சேகரித்துக் கொண்டு திரும்பும் வழியில் தச்சகன் எனும் நாகம் தீண்டி, பிள்ளை இறந்து போனான். மகனின் உயிரைக் குடித்த விஷப்பாம்பை மானிட சர்ப்பமாக பிறக்க கடவாய் என சாபமிட்டார் முனிவர். மானிடப்பாம்பாக மாறிய தச்சகன் சிவராத்திரியன்று முதல் ஜாமம் குடந்தை நாகேஸ்வரரையும், இரண்டாம் ஜாமம் திருநாகேஸ்வர நாகநாதரையும், மூன்றாம் ஜாமம் திருபாம்புர பாம்புரநாதரையும், நான்காம் ஜாமம் நாகப்பட்டினத்திலும் வழிபட்டு சாப விமோசனம் பெற்றான் என ஸ்தல வரலாறு. திருநாகேஸ்வரத்தில் சுய உருவம் பெற்ற தச்சகன், ஸ்வாமியின் கட்டளைப்படி இங்கேயே தங்கி விட்டான். நாகத்தின் சாபம் நீங்கப் பெற்ற ஸ்தலம் என்பதால் இது நாகதோஷ பரிகார ஸ்தலமாக விளங்குகிறது. நவகிரஹங்களுள் ராகு பகவான் இங்கு விசேஷ மூர்த்தியாக எழுந்தருளியிருப்பதால் ராகு தோஷ பரிகார ஸ்தலமாக கருதப்படுகிறது. சக்தி இடம் பெற்ற பாகத்தை விலக்கி சிவ வடிவத்தை மட்டும் வலம் வந்த பிருங்கி முனிவர்க்கு தன் கணவர் அருள் புரிவதை பொறுக்காமல் கோபமுற்ற பார்வதி இங்கு வந்து ஸ்ரீ சக்கர மேரு மீது நின்று தவமியற்றினாள். தவமியற்றும் பார்வதியே கிரிகுஜாம்பிகை, கூடவே லட்சுமி, சரஸ்வதி தேவியர்களும் வந்து விட்டனர். அகலிகையிடம் தகாது நடந்து கொண்ட இந்திரன் கௌதம ரிஷியின் சாபத்தினால் பூனையாக மாறி கிரிகுஜாம்பிகையை வழிபட்டு சாபம் நீங்கப் பெற்றான். இப்போதும் அம்பாளுக்கு, மகர சங்கராந்தியன்று இரவு சந்நிதிக்கு திரையிட்டு திரைக்கு பூஜை செய்வார்கள். இந்திரன் பூஜிப்பதாக ஐதீகம். விநாயகர் இங்கு வழிபட்டு கணங்களுக்கு பதியாகும் பதவி பெற்றார். காலங்கிரி முனிவரின் சாபத்தைப் பெற்று பேயுருவில் திரிந்த சம்புமாலி என்பவன் சுய உருவம் பெற்ற ஸ்தலம். இந்திரன், பிரம்மன், ஆதிசேஷன், தச்சகன், கார்க்கோடகன் ஆகியோர் வழிபட்ட ஸ்தலம். நவ கிரஹ ஸ்தலங்களுள் ஒன்று - ராகு ஸ்தலம்.

மூலஸ்தானத்தில் சிவலிங்க வடிவினராக எழுந்தருளியுள்ளார் நாகநாதர். கம்பீரமாக தரிசனம் தரும் அழகு திருமேனி. ஸ்ரீ நாகராஜன் பூஜித்ததால் நாகநாதர் எனும் பெயர். சண்பகாரண்யேச்வரர் என்ற பெயரும் உண்டு. இத்தலத்தில் ஸ்வாமிக்கு இரண்டு வடிவங்கள் - ஸ்ரீ நாகநாதர் மற்றும் அர்த்தநாரீஸ்வரர். அம்பாளுக்கு இரண்டு வடிவங்கள் - பிறையணி வாள்நுதல் அம்மை மற்றும் கிரிகுஜாம்பிகை. கார்த்திகை மாத பௌர்ணமியில் சந்திரன் அம்பாளை பூஜை செய்ததால் பிறையணி வாள்நுதல் அம்மை எனப் பெயர் கொண்டாள். கார்த்திகை மாத பௌர்ணமியின்போது அம்பாள் மீது சந்திரனின் ஒளிக்கதிர்கள் படர்ந்து சந்திரபூஜை செய்கின்றன. ஸ்வாமி, முருகன், அம்பாள் சன்னிதிகள் வரிசையாக உள்ளதால் சோமாஸ்கந்த அமைப்பு என்பார்கள். இரண்டாம் பிரகாரத்து தென்மேற்கு மூலையில் இத்தலத்தின் விசேஷ மூர்த்தமான ராகு பகவான் எழுந்தருளியுள்ளார். நாகவல்லி, நாககன்னி இருவரும் உடன் உள்ளனர். குடும்ப சமேதராக காட்சி தரும் மங்கள ராகு பகவான் இங்கு அநுக்ரஹ மூர்த்தியாக உள்ளார். மற்ற ஸ்தலங்களைப் போல பாம்பு உருவில் இல்லாமல் மனித வடிவிலேயே தரிசனம் தருவது தனி சிறப்பு. ராகுவின் திருவுருவத்திற்கு அபிஷேகிக்கப்படும் பால், நீல நிறத்தில் வழிந்தோடி பின்னர் வெண்மையாக மாறுவது அதிசயமான ஒன்றாகும். தென் பிரகாரத்தில் சுயம்புவான ஸ்தல விநாயகர் எழுந்தருளியுள்ளார். இவரை நாகநாத கணபதி அல்லது சான்று விநாயகர் என்று அழைப்பார்கள். கிழக்கு கோபுரம் வழி சென்றால் நிருத்த கணபதியை தரிசிக்கலாம். தெற்கு கோபுர வாசலில் கணநாதரும், வடக்கு கோபுர வாசலில் வீரபத்ரர்-காளி திருவுருவங்களையும், மேற்கு கோபுர வாசலில் முனீஸ்வரரும் காவல் தெய்வங்களாக உள்ளனர். ஸ்ரீ சதாசிவ பிரம்மேந்திராள் பிரதிஷ்டை செய்த கணபதி யந்திரம் உள் கோபுர வாசலில் இருக்கின்றது. புஷ்கரிணி அருகில் மழுப் பொறுத்த விநாயகர் சந்நிதி கொண்டுள்ளார். பிரகார வலச்சுற்றில் எண்ணற்ற பரிவார தேவதைகளை தரிசிக்கலாம். வடக்கு பிரகார கோபுரத்தைக் கடந்தால் வருவது கிரிகுஜாம்பிகை கோவில். மூலஸ்தானத்தில் மூலவராக கிரிகுஜாம்பிகை எனப்படும் குன்றுமாமுலையம்மை எழுந்தருளி தரிசனம் தருகின்றாள். அம்பாளுக்கு அபிஷேகம் கிடையாது. புனுகுசட்டம் சாத்துகின்றனர். அம்பாள் சந்நிதியில் மஹாலட்சுமி, சரஸ்வதி ஆகியோரை தரிசிக்கலாம். சங்கநிதி-பதுமநிதி தேவதைகள் சந்நிதியில் இடம் பெற்றுள்ளனர். மேற்கு மாடவீதி மேல் கோபுரத்திற்கு பின்புறமாக ஸ்ரீ ஆதி தேவி மாரியம்மன் கோவில் ஒன்றும் உள்ளது.