ஆதியில் பரசுராமர் இப்பகுதியில் மக்களை குடியேற்றினார். சிலர் பள்ளமான பகுதிகள் அல்லது பாதாளம் எனக் குடி புகுந்தனர். அவர்கள் நாகர் எனப்பட்டனர். அவர்கள் நாகராஜனை வழிபட்டனர். கோவிலைக் கொண்டே இவ்வூருக்கு நாகர்கோவில் எனப் பெயர் வழங்கலாயிற்று. பரசுராமர் காலத்தில் நாகராஜா கோவிலாக இருந்த இக்கோவில் அதன் பிறகு சமணர்கள் ஆதிக்கத்திற்கு உட்பட்டு, ஜினாலயமாக மாற்றப்பட்டது. ஆலயத்தில் ஆறு சமண விக்ரகங்கள் உள்ளன. மண்டபத்து தூண்களில் பார்சுவ நாதரின் இரண்டு திருவுருவங்களைக் காணலாம். பூதள வீர உதய மார்த்தாண்டன் எனும் திருவாங்கூர் அரசன் மான்யங்கள் பல அளித்ததற்கான கல்வெட்டுக் குறிப்புகள் காணப்படுகின்றன. இவனுக்கு பிறகு இக்கோவில் இந்துமத சார்புடையதாகியது. முதலாம் ராஜராஜ சோழன் காலத்தில் மும்முடி சோழபுரம் எனப் பெயர் பெற்றது. கோட்டாறு என்றும் அழைக்கப்பட்ட இவ்வூர் ஆதியில் நெசவுத் தொழிலுக்கு பெயர் பெற்று விளங்கியது. மரிக்கொழுந்து வாசம் மிகுந்த ஊர் என்பர். பாண்டிய மன்னன் ஒருவன் தனக்கு வந்த குஷ்டநோய் குணமடைய நாகராஜனை பிரார்த்தித்தார். அவனது நோய் குணமானதால் நன்றிக் கடனாக நாகராஜனுக்கு கோவில் எழுப்பியதாக கூறப்படுகிறது. பின்னர் சிறிது காலம் கழித்து வயல்வெளியில் வேலை செய்து கொண்டிருந்த பெண் ஒருத்தி திடீரென அலறினாள். சத்தம் கேட்டு ஓடி வந்த ஊர் மக்கள் நாகர் சிலை ஒன்று வெட்டப்பட்டு அதிலிருந்து ரத்தம் கசிவதைக் கண்டனர். உடனே அந்த சிலையை பிரதிஷ்டை செய்து ஓலைக் குடிசை எழுப்பி கோவிலாக்கி வழிபட்டு வந்தனர். ஆரம்பத்தில் பாம்புமேக்காட்டு மனா தந்த்ரி மற்றும் அவரது வழி வந்தவர்களால் பூஜிக்கப்பட்டு வந்த நாகராஜா, பின்னர் திருவல்லம் பரம்பூர் இல்லத்தினரால் பூஜிக்கப்பட்டார் என ஒரு குறிப்பு கூறுகிறது. ஒவ்வொரு வருடமும் மலையாள கற்கடக மாதத்தில் ஓலைக் குடிசை புதிதாக அமைக்கப்பட்டு வந்தது என்றும் கூறுவர்.

மூலஸ்தானத்தில் நாகராஜா எழுந்தருளியுள்ளார். ஐந்து தலை நாக வடிவம் கொண்டுள்ளார். மூலஸ்தானத்திற்குள் எப்போதும் தண்ணீர் இருந்துகொண்டே இருக்கும். மணல் தரை என்பதால் மணலே பிரசாதமாக தருகின்றனர். இந்த மணல் உத்தராயணத்தில் வெள்ளை நிறமாகவும் தட்சிணாயணத்தில் கருப்பு நிறமாகவும் மாறும் அதிசயம் கொண்டது. மூல விக்ரகங்கள் மீது சர்ப்பங்கள் வந்து படுத்துக்கொள்ளும். அப்போதெல்லாம் வெளியிலிருந்தே அர்ச்சனை செய்வார்கள். சர்ப்பங்களுக்கு நைவேத்தியம் செய்யப்படும் பால் பாயாசத்தை உடனே சர்ப்பங்கள் காலி செய்து விடுகின்றன. வழி நெடுக அஞ்சலி செய்யும் உருவங்கள் காணப்படுகின்றன. அவற்றை மிதிக்காமல் செல்ல வேண்டும். தாளேந்திரன் எனும் ஆண் நாகமும், பத்மாவதி எனும் பெண் நாகமும் கருவறை வாயிலில் துவார பாலகர்களாக நின்று காவல் புரிகின்றனர். சந்நிதியின் எதிரேயுள்ள தூணில் நாகக்கன்னியின் அழகிய திருவுருவத்தைக் காணலாம். காசி விஸ்வநாதர், அனந்த கிருஷ்ணன் ஆகியோர் சந்நிதி கொண்டுள்ளனர். அனந்த கிருஷ்ணனின் உற்சவ மூர்த்தம் அழகாக இருக்கின்றது. பிரதான தெய்வம் நாகராஜாவாக இருந்தாலும் கொடிமரம் அனந்தகிருஷ்ணன் சந்நிதியின் எதிரேயே உள்ளது. உற்சவங்கள் இவருக்குத்தான். வெளிப்பிரகாரத்தில் நாகமணி பூதத்தான், சாஸ்தா, இடும்பன், பாலமுருகன், அம்மச்சி துர்க்கை ஆகியோர் சந்நிதி கொண்டுள்ளனர். இரண்டு அரச மரங்களின் இடையே நாகர் சிலைகளைக் காணலாம். மகாமேரு மாளிகை எனப்படும் வெளிவாயில் பிரசித்தி பெற்றது. கோபுரமும் அதன் சிற்பங்களும் மலை நாட்டு முறையில் உருவாக்கப்பட்டுள்ளன. சிற்பங்கள் மிகுந்த அழகுடன் காணப்படுகின்றன. கோவிலுக்கு எதிரே உள்ள குளத்து தண்ணீரே கர்ப்பகிரஹத்திற்குள் செல்கிறது. ஆலயத்தின் உட்புறம் பூமி மட்டத்திற்கு சற்றுக் கீழேதான் அமைந்துள்ளது.