மூலஸ்தானத்தில் முருகநாதீஸ்வரர் சிவலிங்க வடிவினராக எழுந்தருளியுள்ளார். ஜோதி வடிவாய் பிரகாசிக்கும் லிங்கம். அம்பாள் தேவநாயகி அழகே உருவானவள். கற்பக விநாயகர், பைரவர், சந்திரன் ஆகிய மூர்த்தங்களை தரிசிக்கலாம். கோஷ்டத்து மூர்த்தங்கள் அழகாக இருக்கின்றன. இங்கு ஆதியில் வள்ளி-தெய்வயானை உடனாய முருகன் கோயில் கொண்டிருந்ததாகவும், பின்னர் சிவலிங்கம் பிரதிஷ்டை செய்யப்பட்டதால் முருகநாதீஸ்வரர் எனப் பெயர் பெற்றதாகவும் கூறுகின்றனர்.