சோழ மன்னன் ஒருவனின் எதிர்ப்பினால், மேல்கோட்டை எனப்படும் திருநாராயணபுரம் சென்றடைந்தார் ஸ்ரீ ராமாநுஜர். ஒரு நாள் அவரது கனவில் தோன்றிய ஸ்ரீமன் நாராயணன், செல்வ நாராயணப் பெருமாளின் விக்ரகம் பூமியில் புதையுண்டிருப்பதை தெரியப்படுத்தினார். அப்பகுதியை ஆண்ட விஷ்ணுவர்த்தன் எனும் அரசனின் உதவியோடு, விக்ரகத்தை வெளிக் கொணர்ந்து பிரதிஷ்டை செய்து கோவில் ஒன்றை எழுப்பினார். செல்வநாராயணரின் உற்சவ மூர்த்தி டெல்லி பாதுஷாவிடம் இருப்பதை அறிந்து அதை மீட்டுக் கொணர்ந்தார் என்பது திருநாராயணபுரத்து ஸ்தல வரலாறு. கொண்ணூரைச் சேர்ந்த சந்நியப்பர் எனும் ஜமீன்தார் ஸ்ரீராமாநுஜரிடம் அளவிலா பக்தி கொண்டவர். அடிக்கடி திருநாராயணபுரம் சென்று செல்வ நாராயணப் பெருமாளை சேவிப்பவர். அங்கு நடக்கும் வைரமுடி சேவையை தனது செலவிலே நடத்த ஆசை கொண்டார். திருநாராயணபுரத்து நிர்வாகம் அனுமதி தராததால் மிகுந்த வருத்தம் கொண்டார். பின்னர் தான் இருக்கும் கொண்ணூரிலேயே அதே போன்ற கோவிலை நிர்மாணித்தார். மேல்கோட்டை எனப்படும் திருநாராயணபுரத்தில் (மைசூர் அருகே) இருப்பது போலவே எண்கோண வடிவில் இங்கு அமைக்கப்பட்டுள்ள ஆலயம். அங்கு நடைபெறுவது போலவே வைரமுடி சேவை பங்குனி மாதத்தில் இங்கும் நடைபெறுகிறது. செல்வத்தின் அதிபதியான மஹாலட்சுமியை தனது திருவடியில் பதித்துக் கொண்ட பெருமாள் என்பதனால் செல்வப் பெருமாள் என அழைக்கப்பட்டு பின்னர் செல்லப்பெருமாள் என்றானார். பெருமாள் - தாயார் இருவரின் ஒருங்கிணைந்த திருவுருவமே இந்த செல்லப்பிள்ளை ராயர். ஸ்ரீ கிருஷ்ணர் பூஜித்து வந்த விக்ரகம், யாதவ குல அழிவிற்குப் பின் பூமியில் புதையுண்டிருந்து, ராமாநுஜரால் கண்டெடுக்கப்பட்டு மேல்கோட்டையில் பிரதிஷ்டை செய்யப்பட்டதாக கூறுவர். அதே போன்ற தோற்றத்தில் இங்கும் காட்சி தருகிறார். முன்நாளில் இங்கு வைணவ சம்ப்ரதாயப்படி வாழ்ந்து வந்த இப்பகுதியை சேர்ந்த ஜமீன்தாரின் கனவில் தோன்றிய பெருமாள், மேல்கோட்டையில் இருப்பது போலவே இங்கு ஓர் கோவிலை நிர்மாணிக்கும்படி பணித்தார். சிற்ப வல்லுனர்களை மேல்கோட்டைக்கு அழைத்துச் சென்று காண்பித்து, அதே போன்று கட்டச் செய்ததாக கூறப்படுகிறது. இங்கு பெரிய பாம்பு புற்று ஒன்று இருந்தது. மேலே வட்டமிட்டுக் கொண்டிருந்த கருடன், புற்றின் மேல் காணப்பட்ட பாம்பை கொத்தாமல் விட்டது. இதைக் கண்ட ஜமீன்தார், கோவில் கட்ட ஏதுவான இடம் இதுவே என முடிவெடுத்து கட்டியதாக இப்பகுதி மக்கள் தெரிவிக்கின்றனர்.

மூலஸ்தானத்தில் மூலவராக ஸ்ரீ செல்லப்பிள்ளை ராயர் கிழக்கே திருமுக மண்டலம் கொண்டு நின்ற திருக்கோலத்தில் எழுந்தருளி சேவை சாதிக்கின்றார். ஸ்ரீ தேவி - பூதேவி தேவியர்கள் உடன் உள்ளனர். பீபீ நாச்சியார் பெருமாளின் திருவடியருகே காணப்படுகிறார். மஹாலட்சுமிக்கு தனி சந்நிதி இருக்கின்றது. 27 அடி உயரம் கொண்ட விஸ்வரூப ஆஞ்சநேயரை சேவிக்கலாம்.