ஆதியில் பொம்மராஜன் என்ற சிற்றரசன் ஆண்ட பகுதி என்பதால், இவ்வூர் பொம்மராஜபுரம் என்ற பெயர் கொண்டது. சூலை நோய் கொண்டு அவதியுற்றான் பொம்மராஜன். அவனது கனவில் தோன்றிய பெருமாள், அவனை அகத்தீஸ்வரரை வழிபடச் சொன்னார். அதன்படி அவனும் அகத்தீஸ்வரரை வழிபட்டு குணம் அடைந்தான். அதற்கு நன்றி தெரிவிக்கும் விதத்தில் இக்கோவிலைக் கட்டியதாகக் கூறப்படுகிறது.

மூலஸ்தானத்தில் மூலவராக ஸ்ரீ பிரசன்ன வெங்கடேசர் கிழக்கே திருமுக மண்டலம் கொண்டு நின்ற திருக்கோலத்தில் எழுந்தருளி சேவை சாதிக்கின்றார். வேங்கடமுடையான் ஸ்ரீநிவாசராக அர்ச்சாவதார மூர்த்தியாகக் கோவில் கொண்ட ஸ்தலம் இது. அலர்மேல்மங்கைத் தாயார் மிகுந்த வரப்பிரசாதி. திருமண பாக்கியம் நல்குபவர். காரியசித்தி ஆஞ்சநேயரும் எழுந்தருளியுள்ளார்.