திருவல்லிக்கேணி பார்த்தசாரதி பெருமாள் கோவிலின் அபிமான ஸ்தலம் என சொல்லப்படுகிறது. கோட்டு இடை என்றால் கொம்புகளுக்கு இடையில் எனப் பொருள். பூமியினை கொம்புகளுக்கு இடையே தூக்கி நின்ற வராஹ அவதாரத்தை குறிக்கும் வகையில் கோட்டூர் என்றானது.

மூலஸ்தானத்தில் மூலவராக ஸ்ரீநிவாசப் பெருமாள் கிழக்கே திருமுக மண்டலம் கொண்டு நின்ற திருக்கோலத்தில் சேவை சாதிக்கின்றார். திருமலை வேங்கடவனை விட சிறிய மூர்த்தம். ஸ்ரீதேவி - பூதேவி தேவியர்கள் உடன் உள்ளனர். சங்கு-சக்கரதாரியாக சதுர்புஜங்கள் கொண்ட அழகிய திருமேனியுடன் உற்சவ மூர்த்தி சேவை சாதிக்கின்றார். தாயார் அலர்மேல்மங்கை வலப்பக்கத்தில் தனி சந்நிதி கொண்டுள்ளார். வலச்சுற்றில் சுதர்ஸனர்/நரசிம்மர், வேணுகோபாலன், காளிங்கநர்த்தன கிருஷ்ணன், நவகிரகங்கள் ஆகிய சந்நிதிகளையும் தரிசிக்கலாம். கோவிலின் எதிரே ஆஞ்சநேயர் சந்நிதி கொண்டுள்ளார்.