இவ்வாலயங்களை ஸ்தாபித்தவர்களின் குலதெய்வம் ஸ்வாமிநாதன் என்பதால் முதலில் ஸ்வாமிமலை ஸ்வாமிநாதன் சந்நிதி கட்டப்பட்டு, அதன் பின்னரே ஒவ்வொரு சந்நிதிகளாக கட்டப்பட்டதாகக் கூறுவர். திருப்பரங்குன்ற சுப்ரமண்யஸ்வாமி சந்நிதியில் சிவலிங்கம் ஸ்தாபிக்கப்பட்டு பின்னர் முருகனை பிரதிஷ்டை செய்தனர். வேல் பிரதிஷ்டை செய்யப்பட்டு வேல் மாறல் பூஜையும் செய்கின்றனர். அறுபடை வீடுகளில் உள்ள சிற்ப சாஸ்திரங்களையே பின்பற்றியுள்ளனர். திரு முத்தையா ஸ்தபதி அவர்களால் நிர்மாணிக்கப்பட்டது. டாக்டர் அழகப்பா என்பவரின் முயற்சியாலும், காஞ்சி மஹா பெரியவாளின் ஆலோசனைப்படியும் இக்கோவில் எழும்பியுள்ளது. 1985ஆம் வருடம் திரு எம்.ஜி.ஆர் அவர்களால் 22 கிரவுண்ட் நிலம் ஒதுக்கப்பட்டு சாசனம் செய்துள்ளதாகக் குறிப்பொன்று கூறுகிறது. கடற்கரை உப்புக்காற்றால் பாதிப்பு ஏற்படும் பொருட்களைப் பயன்படுத்தாமல், கருங்கற்களைக் கொண்டு கட்டப்பட்ட கோவில்.

நீலக்கடலை பார்த்தபடி அமைந்துள்ள மூலஸ்தானத்தில் ஸ்வாமிமலை ஸ்வாமிநாதன் எழுந்தருளி அருள் புரிகின்றார். காலை வேளையில் சூரியனின் ஒளிக்கதிர்கள் ஸ்வாமிநாதனின் திருமேனி மீது படர்ந்து சூரிய பூஜை செய்கின்றன. வடகிழக்கை நோக்கி சந்நிதி அமைந்துள்ளது. பழநி தண்டாயுதபாணி மேற்கு பார்த்தும், திருத்தணி பாலசுப்ரமண்யசுவாமி வடமேற்கை பார்த்தும், திருச்செந்தூர் செந்தில்நாதன் கிழக்கு பார்த்தும், திருப்பரங்குன்றத்து சுப்ரமண்யசுவாமி தெற்கு பார்த்தும், பழமுதிர்சோலை - சோலைமலை முருகன் தெற்கு பார்த்தும் சந்நிதி கொண்டுள்ளனர். நியுயார்க் மஹா வல்லப கணபதி நடுநாயகமாக எழுந்தருளி ஆசி வழங்குகின்றார். யோக பைரவர் மற்றும் இடும்பனை தரிசிக்கலாம். வேல் பிரதிஷ்டை செய்யப்பட்டு வேல் மாறல் பூஜையும் செய்கின்றனர்.